1909年（明治42年）に山口県に生まれた教祖・本山キヌエ（お代様、神名：豊玉照妙光之神）は、母と共に小豆島に移り、生活の苦労と病気とに苦しんでいました。そして、1932年（昭和7年）2月6日、教祖は苦しさのあまり小豆島・双子浦の岸壁から海に向かって身を投げました。娘の様子にただならぬものを感じた母が後を追いかけましたが、教祖の身体はまさに崖の向こうに消えたところでした。その直後、教祖の身体が再び宙に浮かび上がり、元の崖の上に戻るのを母は目の当たりにしました。
この時、教祖に神様が御降臨になり、「吾は天津神玉光大神なり。今から5年の後には天が逆さまになるような戦争がおこる。それを救わんが為に下りたるものぞよ。母親の日常の信仰と汝の孝養に愛でて命をたすけ、吾の代人として仕えさす」と御神言を告げられました。
その後、準教祖・余島シズエ（清光先生、神名：浄光照清光之神）と出会った教祖は、1933年（昭和8年）小豆島の渕崎に玉光大神様の御社を建立し、36年（同11年）上京、37年（同12年）には御神言により東京の明治神宮・表参道に「玉光教会」を設立しました。戦時中は御神言のままに日本各地を巡り、世界平和のために祈願しました。終戦後の1949年（昭和24年）、玉光教会は東京都三鷹市井の頭に移転し、52年（同27年）5月に宗教法人「玉光神社」として認可を受け、54年（同29年）には、井の頭・玉光神社の現在の社殿が落成しました。そして、59年（同34年）には小豆島・土庄町北山に御本宮を建立しました。
準教祖の息子として小豆島に生まれた本山博（初代宮司、神名：玉之光照大御子神）は、幼少の頃から教祖・準教祖と共に修行を積み、後にはヨーガ行を修め、宗教体験を積んでいきます。初代宮司は大神様より十代の頃から「吾子」と呼ばれ、教祖の後継者として指名されました。その後、教祖の養子となり（本山姓となり）、1955年（昭和30年）1月に初代宮司に就任しました。
1995年（平成7年）11月15日、初代宮司に御神言が降り、『十五条の御神訓』を賜りました。2015年（同27年）2月、『十五条の御神訓』が根本教義として正式に位置づけられ、初代宮司の次男である本山一博が宮司に就任しました。その後、2017年（同29年）に『十五条の御神訓』を解釈するための「基本釈義」を現宮司が発表しました。